MIZŠ opravlja upravne in strokovne naloge na področjih predšolske vzgoje, osnovnošolskega izobraževanja, osnovnega glasbenega izobraževanja, nižjega in srednjega poklicnega ter srednjega strokovnega izobraževanja, srednjega splošnega izobraževanja, višjega strokovnega izobraževanja, izobraževanja otrok in mladostnikov s posebnimi potrebami, izobraževanja odraslih, visokošolskega izobraževanja, znanosti, informacijske družbe ter športa. Na področju znanosti oblikuje strokovne podlage za sprejemanje političnih dokumentov na področju raziskovalne politike. Pripravlja zakonske in podzakonske predpise na teh področjih. Vzpostavlja in izgrajuje sistem za celovito analiziranje in spremljanje stanja ter razvoja raziskovalne dejavnosti, razvija nove instrumente za izvajanje strateških ciljev na področju raziskovanja ter načrtuje potrebni obseg finančnih sredstev za financiranje teh dejavnosti.